La villa de Fuentemolinos está situada al extremo sur de la provincia de Burgos, en la orilla izquierda del Riaza. Prescindiendo de culturas anteriores puede decirse que esta población comenzó a existir en el siglo X; su nombre es aclaratorio de las circunstancias relevantes de gozar de dos particularidades: la de una fuente y uno o varios molinos. La fuente ha sido el orgullo y preocupación del pueblo. Es abundante y sana pero, fiel a los ciclos de escasez y de abundancia, tras los años de escasa nieves y de menguadas lluvias, la fuente ha dejado de manar. Así en el año 1718 el buen párroco del lugar, uniéndose al sentimiento del pueblo que pensaba que por sus pecados se retiraban las aguas, concertó con los padres dominicos de Aranda de Duero una santa misión. El mismo día que los misioneros concertaron su visita comenzó a manar agua de la fuente aunque continuaban con sequía, y se atribuyó el hecho a un milagro por la buena voluntad manifestada por todos.
Más práctico fue el bachiller y párroco don Lucas Fernández de Pinedo que en las sequías de 1745 y 1754 exploró el manantial con un candil internándose 19 varas, y de esta manera averiguó que la causa de la escasez de agua era la poca limpieza que había en los canalillos. Don Lucas creía, y de hecho lo dejó escrito, que volando con pólvora alguna parte de la roca el agua saldría con mayor abundancia. No se sabe si se aplicó el remedio, pero a mediados del siglo XIX la fuente manaba con tanta generosidad que, a poco andar, ya movía una rueda de molino. Y los cañamares producían cosechas largas de esa planta industrial por la que se interesaban los fabricantes de la cordelería y de la talabartería. Estos pueblos de la Ribera burgalesa tenían antaño en el cañamón una línea importante de su economía.
Fuentemolinos, nacida a la sombra de la histórica villa de Aza, surgió en las primeras décadas del siglo IX. En el año 912 los tres condes más importantes de Castilla, a saber, don Gonzalo de Burgos, don Gonzalo de Cerezo y don Nuño de Castrojeriz, organizaron una gran marcha por las riberas del Arlanza para asegurar a Castilla las orillas del alto Duero, ocupando así las plazas de Osma, San Esteban, Roa y Aza. A continuación se pregonaron franquicias desde Asturias hasta el País Vasco, en las merindades y en las tierras del Arlanzón, y los pobladores que pasaron el Duero se establecieron en pequeñas comunidades de labradores y pastores. No fue cómoda la vida en el primer siglo de su existencia, ya que los árabes advirtieron pronto el peligro que representaba el avance cristiano y organizaron expediciones de feroz represión. En el año 939 toda la Ribera burgalesa fue arrasada, más tarde (año 983) llegó Almanzor destruyendo todo lo que encontraba a su paso. Pero ya a partir del año 1000 la paz se avecinó en el Riaza y en el Duero.
Tras el comienzo del II milenio Castilla cambió su sistema administrativo, creó el sistema de alfoces o de pequeños partidos presididos por una villa protegida por un castillo, más tarde se impuso el sistema de comunidades de villa y tierra; una villa importante y encastillada a la que se añadía una suma de poblamientos con una extensión de terreno. Aza, por su excepcional situación sobre el Bajo Riaza y la proximidad del Duero fue la plaza elegida para cabecera de la comunidad de villa y tierra. Era Aza, solar de linaje y capital brillante por su fortaleza, muralla e iglesias.
Tuvo hasta un monasterio benedictino que, por disposición de sus fundadores (los Marañón-Aza), pasó luego a los monjes cistercienses de Bujedo de Juarros que formaron en esta comarca un dominio agrícola y de molinería hidráulica importante. Los monjes tenían la exclusiva de las ruedas de molino y trajeron viñedos de Centroeuropa que aceptaron bien los injertos en las cepas. La villa de Fuentemolinos siguió los avatares de su comunidad hasta que ésta se extinguió. Pasaron entonces del realengo al señorío particular y en el siguieron hasta el siglo XVIII, aunque en los eclesiástico dependían de la Diócesis de Osma hasta el año 1956, en que toda la Ribera pasó a la de Burgos. En cuanto a lo civil y lo administrativo, hasta principios del siglo XIX perteneció a la provincia de Segovia. En la actualidad cuenta con más de un centenar de vecinos.